در شرایطی که بسیاری از واحدهای صنعتی از نبود نقدینگی رنج می برند و همچنین خطوط تولیدشان قدیمی است که باعث بهره وری پایین و کاهش تولید محصولات صنعتی شده است؛ لغو معافیت حقوق ورودی ماشین آلات واحدهای تولیدی در سال ۱۴۰۱ چالش های جدی برای واحدهای صنعتی ایجاد کرده است. در واقع معافیت حقوق ورودی ماشین آلات واحدهای تولیدی روزنه امیدی برای نوسازی صنایع و واحدهای تولید و کاهش هزینه بهسازی خطوط تولید واحدهای قدیمی بود اما عملا دولت با لغو معافیت حقوق ورودی ماشین آلات واحدهای تولیدی در سال ۱۴۰۱ هزینه های ورود ماشین آلات را افزایش داد و کار را پیچیده تر کرد. براساس بند ص تبصره ۶ قانون بودجه سال ۱۴۰۱ ماشین آلات و تجهیزات تولیدی، صنعتی، معدنی و کشاورزی مشمول پرداخت حقوق ورودی شده اند. پیش از این واردات ماشینآلات خط تولید که به تشخیص وزارت صنعت، معدن و تجارت و گمرک جمهوری اسلامی ایران، مورد نیاز واحدهای تولیدی، صنعتی و معدنی مجاز است به استناد ماده ۱۱۹ قانون امور گمرکی، از پرداخت حقوق ورودی معاف بود که در سال ۱۴۰۱ این رویه تغییر کرد؛ موضوعی که باعث اعتراض گسترده واحدهای تولیدی و صنعتی و فعالان اقتصادی شده است. مسئولان وزارت صمت اعلام می کنند به دو دلیل مسائل قانونی بودجه و مشکلات ارزی لغو معافیت حقوق ورودی ماشین آلات واحدهای تولیدی در سال ۱۴۰۱ رخ داده است اما در مقابل فعالان واحدهای تولید خواستار بازنگری دراین مصوبه هستند و آن را مانع مهمی پیش روی محیط کسب و کار می دانند.
به اعتقاد برخی کارشناسان معافیت حقوق ورودی ماشینآلات و تجهیزات تولیدی و کشاورزی و صنعتی که در قانون بودجه سال ۱۴۰۱ برداشته شده، به ضرر بخشهای تولیدی کشور است. این تصمیم باعث می شود نوسازی و مدرن سازی صنعت و به روز شدن خطوط تولید و ماشینآلات صنعتی به خاطر دریافت حقوق گمرکی انجام نپذیرد. براین اساس هرچند این حکم در قانون بودجه قید شده است، شورای هماهنگی سران قوا می تواند در این خصوص ورود کند و به صورت موقت تا بررسی همه ابعاد به صورت کارشناسی و تعیین تکلیف نهایی موضوع، مانع از اجرا و وصول حقوق ورودی در گمرکات کشور شود. کارشناسان صنعتی معتقدند لغو معافیت حقوق ورودی ماشین آلات واحدهای تولیدی در سال ۱۴۰۱ می تواند باعث خاموشی آرام واحدهای صنعتی منجر شود. دبیرکل خانه صنعت، معدن و تجارت محمدرضا مرتضوی گفته است حذف این معافیت آخرین امتیاز واحدهای تولیدی بوده که از آنها سلب شده است. او گفته:« کارخانجات و واحدهای تولیدی میتوانستند ماشین آلات خطوط تولید خود را با استفاده از این معافیت وارد کشور کنند و هیچ سوءاستفاده یا اشکالی در این کار وجود نداشت و دولت این امتیاز را داده بود تا واحدهای تولیدی بتوانند از این طریق دستگاهها و ماشینآلات خود را در صورت نیاز نوسازی کنند و در این مسیر نیز نیاز به پرداخت عوارض گمرکی نیستند. لذا حذف این معافیت نه به سود تولید است و نه به سود دولت، چراکه وقتی یک واحد تولیدی با یک تکنولوژی روز و با تجهیزات خوبی راهاندازی میشود به مرور زمان به سوددهی میرسد و میتواند به به دولت مالیات دهد و مهمتر از همه اشتغال ایجاد کند.»