با راهاندازی شبکه ملی اطلاعات، یکی از مهمترین مزایایی که مورد توجه قرار گرفت، تفکیک تعرفه اینترنت داخل از بینالملل بود. بدین معنا که برای وبسایتها با سرورهای داخلی در مقایسه با وبسایتهای خارجی، تخفیف ۵۰ درصدی در نظر گرفته شد و ارائهدهندگان خدمات اینترنتی از اینترنت ثابت و همراه، مطابق مصوبه سازمان تنظیم مقررات رادیویی، به رعایت این موضوع در محاسبه هزینه اینترنت برای کاربران ملزم شدند. اعمال هزینه حداقل نیمبها برای استفاده از ترافیک سایتهای داخلی نسبت به ترافیک بینالملل از مواردی است که شرکتهای ارایهکننده خدمات اینترنتی باید آن را رعایت کنند. اینکه کدام یک از وبسایتها شامل این طرح باشند، از ابتدا محل پرسش بود؛ همزمان با بهرهبرداری از فازهای اول و دوم شبکه ملی اطلاعات و در گام نخست، سازمان تنظیم مقررات و ارتباطات رادیویی، لیست ۱۰۰ سایت پرترافیک داخلی که سرورهای آنها در ایران قرار دارد را به اپراتورها و شرکتهای اینترنت ارائه کرد که کاربران با مراجعه به این سایتها، تنها نصف هزینه را پرداخت کنند و مقرر شد این لیست به مرور تکمیل شود.
در گام بعدی، محمود واعظی – وزیر پیشین ارتباطات و فناوری اطلاعات – با اشاره به کاهش ۵۰ درصدی تعرفه اینترنت سایتهای داخلی، اظهار کرده بود: با راهاندازی شبکه ملی اطلاعات در مرحلهی اول ۱۰۰ سایت، سپس ۲۵۰ سایت و در حال حاضر ۵۱۰ سایت برتر داخلی، از تعرفه ۵۰ درصدی نسبت به تعرفه بینالملل استفاده کردند. محمدجواد آذری جهرمی – وزیر ارتباطات و فناوری اطلاعات – نیز درباره تفکیک اینترنت داخل از بینالمللی گفته است: مصوبات تاکید دارند که با توجه به اینکه هزینه تمامشده ترافیک داخلی کمتر از ترافیک بینالمللی است، در محاسبات ترافیک این مساله باید لحاظ شود. همچنین در گذشته اعلام شده بود که سایتهایی که در لیست ۵۰۰ سایت قرار گیرند، مشمول تعرفه داخلی میشوند که از نظر ما این مکانیزم منسوخ است و شرکتها موظفند همه سایتهایی که ترافیکشان در داخل پاس میشود، تعرفه آنها نیمبها محاسبه شود.
بدین ترتیب از یک سال گذشته، تمامی تولیدکنندگان محتوای داخلی که محصولات آنها در داخل کشور میزبانی میشود، میتوانند با مراجعه به پورتال سازمان فناوری اطلاعات ایران به آدرس http://ito.gov.ir و یا با استفاده از لینک icip.ito.gov.ir دامنه و آدرس عددی (IP) خود را ثبت کنند تا تعرفهی نیمبهای ترافیک داخلی برای آنها محاسبه شود.